โลกหลังภัยพิบัติและการกำเนิดของ “เมืองคามิทสึบากิ” เรื่องราวเกิดขึ้นเจ็ดปีหลังจากที่อารยธรรมของมนุษย์ถูกทำลายล้างโดย ภัยพิบัติครั้งใหญ่ (major disaster) ที่สร้างความเสียหายอย่างรุนแรงไปทั่วโลก แต่ท่ามกลางความสิ้นหวังนั้น เมืองคามิทสึบากิ ได้ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอย่างปาฏิหาริย์ ด้วยการใช้เทคโนโลยีวิทยาศาสตร์ล้ำสมัย กลายเป็นศูนย์กลางของการวิจัยและการศึกษาที่เจริญรุ่งเรืองและเป็นความหวังของมนุษยชาติ อย่างไรก็ตาม ภายใต้ความรุ่งโรจน์และความสงบสุขที่ฉาบหน้า เมืองคามิทสึบากิกลับซ่อนภัยคุกคามอันดำมืด นั่นคือการปรากฏตัวของ “เทสเซอแรกเตอร์” (Tesseractor) สัตว์ประหลาดที่ถือกำเนิดขึ้นจากความมืดมิดในจิตใจของมนุษย์ และคอยคุกคามความสงบสุขของเมือง